Gracias annie19 por su respuesta:

En primer lugar NO PUEDE NI DEBE cancelar la factura del 2017 ya que ya tuvo sus efectos fiscales y aun si la cancelara ya estamos en otro ejercicio fiscal por lo cual pierde efectos fiscales retroactivos.
En segundo debe contar con el apoyo del dueño o jefe de su empresa que por politica no se cancelan facturas del otro ejercicio fiscal y establecer dichas politicas de cuando proceden las cancelaciones y hacerlas saber a todos los clientes.
En tercero solo puede facturarle el resto de 120,000 a nombre de la empresa B y no hay problema solo así.

De las otras maneras que plantean no solo son muy complicadas si no que ahi si se meteria en un problema con el sat que despues le van a pedir explicaciones.

SOLUCION : Apoyo de sus superiores para emitirle un comunicado al cliente que solo se le facturara el resto como pide a la empresa B y empresa A no se le va a cancelar ya que por sus politicas fiscales ese es su procedimiento, las politicas fiscales de otras empresas en perjuicio de la propia no procede y estan apegadas a ley. Ahora si se lavan las manos y no le apoyan entoncen pida que le redacten un un documento donde se le ordena que proceda como ( el cliente lo pide ) para que usted no se vea afectada en un futuro laboral y legal y vera lo digo por amplia experiencia que su jefe se la va a pensar muy en serio es muy fácil querer que uno como contador quede bien con todos y aparte pretender que sea legal.