Hola cheque, pues no deberia de cambiar, ya que la fusionada desaparece, pero la fusionante sigue trabajando normalmente, solo cambiaria si se cambia el nombre de la fusionante por ejemplo:
Fusionante A, SA de CV
Fusionada B, SA de CV
La fusionante cambia a A y B SA de CV solo en este caso cambiaria en RFC y en caso contrario si se queda con el mismo nombre no tiene por que cambiar el RFC.