Por lo que entiendo, vas a compensar tu IVA a favor vs otro impuesto del mismo mes, digamos IVA de diciembre 2017 vs ISR propio de diciembre de 2017.
Si es el caso, no debes pagar recargos porque estas pagando en tiempo y forma.
Respecto a la actualización tampoco procedería porque tendrías que actualizar desde el mes en el que presentaste la declaración con el saldo favor (en nuestro supuesto es enero 2018) y hasta el mes en el que estas compensando (nuevamente enero 2018 en nuestro supuesto), por lo que el factor de actualización es uno.
No fui claro, la situación es que como la contabilidad esta atrasada, presente normar el CERO, y dos meses siguientes presente complementarias de todo. (DIOT, SALDO A FAV IVA, Y COMPENSACION, Asi en ese orden.) Lo que pasa es que tengo Auditoria. y en revisiones anteriores ellos me dijeros que solo pagara actualización (claro fueron otras personasde auditoria) y ahora me están diciendo lo contrario. El argumento en base a los art. 21 y 23 CFF y 15 RCFF. Anteriormente recuerdo que me dijeron que estos artículos aplican cuando es pago $, pero cuando es compensación no aplica por que es saldo a favor del mismo mes.