De acuerdo a las reforma fiscales el Regimen Simplificado para las Personas Morales dedicadas al autotransporte desaparecen y esta ahora en el regimen general de Ley la duda que me surge es ¿Las facilidades Administrativas aplican de la misma manera para este tipo de contribuyentes o se debe cambiar a el Regimen de Cordinados?

Si el contribuyente al que te refieres venia al 31 de diciembre 2013 en el Régimen simplificado le va aplicar la siguiente regla de la RM 2014:

Personas relevadas de presentar aviso de cambio al Régimen de Coordinados

I.2.5.15. Para los efectos de los artículos 27 del CFF, 25, fracción VII y 26, fracción V, incisos c) y d), del Reglamento del CFF, los contribuyentes que de acuerdo a la Ley del ISR vigente al 31 de diciembre de 2013 tributaban en el Régimen Simplificado de las Personas Morales y sean identificados como coordinados, están relevados de cumplir con la obligación de presentar el aviso de actualización de actividades económicas y obligaciones fiscales para ubicarse en el Régimen de Coordinados a que se refiere el artículo 72 de la Ley del ISR, siendo la autoridad la encargada de realizarlo con base en la información existente en el padrón de contribuyentes al 31 de diciembre de 2013.
CFF 27, LISR 72, RCFF 25, 26

Y SI REUNE LOS REQUISITOS PARA CONTINUAR EN DICHO REGIMEN YA NO DEBES LLEVAR A CABO NINGUN TRAMITE y en caso que no quieras o puedas continuar en el mismo te aplica la siguiente regla:

Plazo para optar por Régimen distinto al asignado por la autoridad
I.2.5.17. Para los efectos de lo establecido en las reglas I.2.5.11., I.2.5.14., I.2.5.15., I.2.5.16., de la presente resolución y el artículo 6, último párrafo del CFF, si el contribuyente desea ejercer una opción diferente a las establecidas en dichas reglas, deberá presentar un aviso de actualización de obligaciones fiscales, de acuerdo a lo establecido en los artículos 27 del CFF, 25, fracción VII y 26, fracción V, incisos a) y d), del Reglamento del CFF, a más tardar el último día del mes de enero de 2014.
Lo anterior, será aplicable siempre y cuando se encuentre en el supuesto que de acuerdo a las disposiciones fiscales vigentes le permita ejercer una opción diferente y no aplicará cuando el contribuyente haya presentado su primera declaración correspondiente al régimen u obligación asignado de conformidad con lo establecido en las reglas señaladas en el párrafo anterior.
CFF 27, RCFF 25, 26, RMF 2014 I.2.5.11., I.2.5.14., I.2.5.15., I.2.5.16.