En el caso del ISR solamente acumulas la ganancia derivada de la enajenación y lo incluyes dentro de los ingresos nominales del periodo.
Respecto al IVA debes de incluirlo dentro de los ingresos del mes atendiendo a la tasa que esté gravada la enajenación.
Si se trata de una enajenación de un automóvil adquirido a su vez de una persona física que no trasladó de forma expresa y por separado el IVA, puedes disminuir del ingreso por la venta, el costo de adquisición (con lo que gravarías solamente la utilidad), según el arti 27 del RIVA.