Hola TEZ:

Me parece que esta confundido.... no existe estados, municipios o localidades exentas del ISR, por lo que se podria haber ciertos ingresos exentos, o ciertas personalidades con fines no lucrativos por los que no pagaria impuesto sobre la renta dependiendo de sus actividades, que no implique que sean actividades empresariales.

El art 109 que comentas es precisamente para ciertos ingresos que se encontrarian EXENTOS del pago mas NO de NO DECLARARSE.

Todos los ingresos deben declararse y algunos posiblemente no pagarse.

Saludos

PD
Las leyes federales se aplican en cada milimetro del territorio nacional, se estaria violando el principio de equidad manifestado en el art 32 CPEUM, de existir lo comentado en tu cuestionamiento, es decir el resto de los residentes podriamos amparanos contra el pago de impuestos y no pagarlos.