La actuación de una Autoridad Administrativa en relación a una facultad de comprobación que no sea ajustada a derecho es violatoria de las garantias individuales.

En tu caso el IMSS al no realizar la ampliación de la visita es objeto de declarla la nulidad lisa y llana de la misma y de oficio por parte del TFJFYA con fundamento en el Art. 46-A del CFF, toda vez que su actuación se encuentra fuera del plazo generico de 6 meses que señala el citado numeral.

Te transcribo la siguiente tesis espero te sirva:
Cuarta Época.
Instancia: Sexta Sala Regional Metropolitana.
R.T.F.F.: Año II. No. 21. Abril 2000.
Tesis: IV-TASR-VI-284
Página: 246

ALCANCE DE UNA SENTENCIA DEL TRIBUNAL FISCAL DE LA FEDERACIÓN ENTRATÁNDOSE DE UN ACTO ADMINISTRATIVO FISCAL QUE TIENE COMO SOPORTE UNA VISITA DOMICILIARIA CONCLUIDA FUERA DEL TÉRMINO LEGAL.- En los términos del primer párrafo del artículo 46-A del Código Fiscal de la Federación, vigente en 1998, las autoridades fiscales tienen el mandato legal de concluir la visita domiciliaria que se desarrolla en el domicilio fiscal de los contribuyentes o la revisión de la contabilidad de los mismos que se efectúen en las oficinas de las autoridades, dentro de un plazo máximo de seis meses contados a partir de que se notifique a los contribuyentes el inicio de las facultades de comprobación, salvo en los casos específicos que el propio precepto legal precisa, en cuyos casos, las autoridades fiscales podrán continuar con el ejercicio de sus facultades de comprobación sin sujetarse al referido plazo de seis meses, el cual podrá ampliarse por períodos iguales hasta por dos ocasiones, siempre y cuando se cumpla con los requisitos que regula dicha norma, disponiendo en su último párrafo el precepto legal citado, que en caso de que las autoridades no levanten el acta final o no notifiquen el oficio de conclusión de la revisión dentro del mencionado plazo de seis meses, la visita se entenderá concluida en esta fecha, quedando sin efectos la orden y las actuaciones que de ellas se derivaron durante dicha visita o revisión; luego entonces, por ministerio de ley, carecerá de soporte jurídico aquella resolución determinante de impuestos federales que se sustente o motive en una visita domiciliaria o de la revisión de la contabilidad no concluida dentro del plazo máximo de seis meses, cuya conclusión entratándose de visitas domiciliarias se da mediante el levantamiento del acta final, y no de la última acta parcial, y en tratándose de la revisión de la contabilidad, a través de la notificación del oficio de conclusión de dicha revisión, como lo dispone el último párrafo del precepto legal en estudio; consecuentemente, si en juicio se combate dicha resolución determinante de impuestos ante este Tribunal Fiscal de la Federación, alegando una violación directa a lo dispuesto por el primer párrafo del artículo 46-A del Código Fiscal de la Federación, vigente en 1998, y de resultar fundada dicha violación, lo procedente será declarar la nulidad lisa y llana del acto combatido, al actualizarse la causal de ilegalidad prevista en la fracción IV del artículo 238 del Código Fiscal de la Federación, al haberse dictado en contravención de las disposiciones aplicadas, en tanto que jurídicamente ya no procede reponer el procedimiento del que deriva dicha resolución, pues el último párrafo del artículo 46-A del Ordenamiento legal mencionado, es categórico al disponer, que si la autoridad fiscal no levanta el acta final de visita o no notifique el oficio de conclusión de la revisión dentro del plazo máximo de seis meses, QUEDARÁ SIN EFECTOS LA ORDEN Y LAS ACTUACIONES QUE DE ELLA SE DERIVARON DURANTE DICHA VISITA O REVISIÓN. (7)

Juicio No. 5570/99-11-06-6.- Sentencia de 20 de septiembre de 1999, por mayoría de votos.- Magistrada Instructora: María de los Angeles Garrido Bello.- Secretario: Aurelio Damián Magaña.


Ahora bien considera lo que comenta el colega, tendras que esperar a la resolución donde el IMSS te finque y determine en liquidez lo omitido por el Patrón e impugnar por la via contenciosa administrativa esa resolución, lo anterior en virtud de que uno de los requisitos de procedencia de Juicio de Nulidad es que el acto sea definitivo (Definitividad Art. 11 de la LOTFJFYA), lo cual dentro del desarrollo de la visita domiciliaria se da hasta la resolución que pone fin a la misma, ya que las demas actuaciones solo se limitan a circunstanciar hechos u omisiones.

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