La compensación de IVA propio contra IVA propio es posible a menos que el saldo a favor provenga de un pago de lo indebido.
También ten en cuenta que el IVA grava actos o actividades y no el capítulo(s) en el que tributes, por lo que considerando lo primero puedes tomar en cuenta esto último.
Mira en mi opinion si puedes hacerlo ya que en IVA solo realizas actos gravados y no tomas en cuanta el regimen enque tributas eso es solo para el calculo de ISR.
Los Actos o actividades los puedes tomar totales y determinar tu Iva a cargo le restas el total de IVA acreditable que tengas y asi te da a pagar o a favor sin tener nada que ver el Regimen para ISR.