Los 90 días de indemnización son eso, 90 días Art 49 y 50 LFT, y la prima es proporcional a los años laborados en caso de corresponder Art 162, 485 y 486 LFT.
La indemnizacion son los tres meses de salario y no esta en funcion de los años trabajados.
La prima de antiguedad son doce dias por cada año de servicio, pero es importante resaltar que cada dia el trabajador adquiere el derecho a la prima de antiguedad, por lo tanto en mi opinion es preferible pagar la parte proporcional que le corresponda en caso de no cumplir con el año completo, lo anterior de acuerdo al art. 17 y 18 de la LFT y a los principios generales de derecho, que mencionan que prevalece la interpretacion que mas favorece al trabajador por lo que se pagaria la prima de antiguedad en forma proporcional cuando no se complete el año de servicios.
Espero ya hayas analizado si le corresponde o no la prima de antiguedad