yo pienso que deberia tu cliente de levantar un acta ante las autoridades dando a conocer el hecho, para que nadie mas pueda utilizar esas facturas, en un momento dado ya las cancelas con una nota de credito, y expides nuevas, pero que te pase copia del acta, y asi te proteges ante cualquier circunstancia futura..
Yo tuve un caso similar y lo cheque en el SAT , por lo cual me dijeron levantara un acta en el ministerio publico la cual no tardo mucho en contribuyente ni fue engorrosa.
Esta acta efectivamente fue para evitar el mal uso que se le podria dar a las mismas y estar amparados en un momento dado.
En mi caso me dijeron pusiera las facturas como canceladas
Asi como refacture la mercancia solo que en mi caso le anote a las facturas nuevas estas facturas sustituyen a la factura no..... las extraviadas.
Rapido y facil...nota de credito debidamente firmada por tu cliente,y despues le das la nueva.......con esto comprometes al cliente que no haga mal uso de ella toda vez que tu tendras el soprte
Si puedes ser util a los demas, no dudes en hacerlo