mire compañero, las cosas como son:

Si le cobra por concepto de flete, seguro por flete, coordinacion de flete o algo parecido, el gravable asi de simple.

Pero si ese valor se incluye dentro del valor mercancia u otro servicio distinto, ya no procede la retencion del IVA, pero ademas debe justificar el concepto de cobro al cliente, pues no creo que el quiera pagar algo por lo que no esta de acuerdo que Ustedes no hicieron. Y la otra, el flete y el traslado lo cubre el cliente, para que tener que estar evadiendo responsabilidad de retenciones, quien paga el flete es el cliente, claro lo retendrian ustedes