Les comparto lo que entiendo toda vez que tambien hice la consulta al SAT donde es correcto que emitas nuevamente la factura pero No hay duplicidad porque el nuevo CFD o CFDi tendra solo los requisitos de la fraccion I, II, III y IV mas los de la fraccion VII inciso b) en la que especificaras que es una parcialidad y el folio de la anterior factura cuya fraccion dice lo siguiente:


'b) Cuando la contraprestación se pague en parcialidades, se emitirá un comprobante fiscal por el valor total de la operación de que se trate en el que se indicará expresamente tal situación y se expedirá un comprobante fiscal por cada parcialidad. Estos últimos comprobantes deberán contener los requisitos previstos en las fracciones I, II, III y IV de este artícul, además de señalar el número y fecha del comprobante fiscal que se hubiese expedido por el valor total de la operación, el importe total de la operación, el monto de la parcialidad que ampara y el monto de los impuestos retenidos, así como de los impuestos trasladados,desglosando cada una de las tasas del impuesto correspondiente, con las excepciones precisadas en el inciso anterior'

Espero te sirva de algo mi opinion.