Es un algo complicado opinar sin conocer los valores de la maquinaría en cuestión y los números con que haya cerrado (suspendido operaciones) la persona física, pero la verdad la opción que denominas como primaría sigue siendo lo prudente a realizar... por tanto se supone operaría una reanudación de actividades, vender la maquinaría y equipo a valores según libros ó bien determinar el saldo por redimir actualizado y enajenar en ese monto... así las cosas no tendrías ISR a pagar, si la operación la ubican con fecha 2007 eliminas el IETU... el IVA es un efecto pasajero, ya que uno lo paga y el otro lo acredita...

Claro, de haber suspendido con saldo a favor (puede ser si la inversión en activos fue considerable) el pago de IVA puede no ser total.

La venta de la maquinaría por parte del accionista es lo ideal, ya que es la forma en que la empresa va a lograr reconocer los activos como de su propiedad para efectos financieros, me imagino lo buscan hacer para efectos de poder concursar en obras grandes, en las que si no reportas cierta solvencia y capacidad de trabajo no se te asigna, si el efecto se deseara tan solo para cuestiones de gestiones crediticias puede subsanarse con el aval del legal propietario de la maquinaría...

saludos.