Te recomiendo que quites el autofiltro, que se lo vuelvas a poner pero ahora seleccionas solo los titulos de las columnas de tu base de datos, por ejemplo A1:Z1, de esta manera el autofiltro guardara un limite diferente, sugiero que guardes el archivo.

Ahora quita el autofiltro nuevamente, y lo vuelves a poner pero seleccionando solamente tu base de datos, por ejemplo, el rango A1:Z1500, debe de corregirse el error.

En una ocasion me paso algo similar con un cliente, y esa fue la solucion, ademas de que al insertar filas para seguir metiendo datos, NO LA INSERTES DESPUES DE LA ULTIMA FILA, SINO ANTES DE LA ULTIMA FILA, para que sigan quedando dentro del rango del autofiltro.

Si no resuelves el problema, mandame por favor tu archivo a:
oscarmg@prodigy.net.mx

Saludos Atte. Oscar Miron Guerra