Claro que te generarìa problema si en lugar de anotar el nombre del contribuyente anotan el nombre comercial, ya que para el sat la persona fìsica es el sujeto obligado.
Tengo un caso similar, en el acta constitutiva aparece el apoderado legal como Hector, pero en su credencial de elector aparece Hector Enrique, al realizar un tràmite nos lo rechazaron, pero se mandò hacer un escrito con un notario donde se da fe que Hector es Hector Enrique, claro con sus apellidos, con testigos y notariado, y procediò el tràmite.
Creo que debes establecer filtros para que las facturas al momento de recibirlas y vengan con errores se devuelvan el el mismo momento, asì tendràs todas tus facturas pagadas con los requisitos al 100%.