Le recomiendo siempre tener su FIEL en algún correo o guardada en su computadora ya que si la deja en su USB puede que se le formatee o pase algo y la pierda. Los virus de USB son comunes; lo más probable es que el virus le 'esconde' los archivos pero no se los elimina.

Puede intentar una de las siguiente soluciones:

Primero puede correrle un escaneo de antivirus a su USB, para ver si así se elimina el virus y le demuestre los archivos ocultos (tenga en cuenta que cada USB que usted ponga en su equipo se puede infectar del virus)

Segundo, muestre archivos ocultos, el procedimiento lo encuentra aquí https://support.microsoft.com/es-es/windows/mostrar-archivos-ocultos-0320fe58-0117-fd59-6851-9b7f9840fdb2#:~:text=Selecciona%20el%20bot%C3%B3n%20Inicio%20y,%2C%20a%20continuaci%C3%B3n%2C%20selecciona%20Aceptar.

Tercero sería intentar ir de nuevo al SAT a sacar una nueva firma con otra USB pero asegúrese que no se vuelva a ir con la USB con un virus

Espero le sirva, saludos