Se requiere conseguir el CFDI conforme los arts 29 y 29-A CFF.
Te sugiero segun mi opinion generar un recibo nomina, honorarios asimilable a salario. Le aplica la retencion correspondiente al pago. Generas un contrato por servicios independiente, especificando las actividades que desarrollara el becario
No habria pago de seguridad social y si cuentas con la intermediacion de alguna institucion educativa que te refiera este tipo de personal, ya cuentas con todo para deducir, este tipo de gastos.
Disfruta todo lo que realices en esta vida y hazlo con responsabilidad