En mi opinión cuando no se pone el factor de tasa de IVA en el CFDI estamos ante un servicio que se considera 'no objeto' para efectos de iva. Si no es tu caso estas incurriendo en una practica fiscal indebida y debes cancelar todos los CFDIS realizados previamente para después usar en el nuevo CFDI el TipoRelación la clave “04” (Sustitución de los CFDI previos).
Saludos.