Vamos por partes, como dice Jack 'El Destripador':

1.- Tienes un saldo a favor de una anual de años pasado como has indicado

2.- Suponiendo que haras un pago provisional por el mes de Noviembre 2016

3.- En el calculo del punto 2.- Acreditaras los pagos provisionales declarados y pagados de Enero a Octubre de 2016. Hasta este punto pudiera salir a cargo, si le faltan mas pagos. No sale a favor, porque no hay un pago definitivo, simplemente no se refleja el saldo a favor, y se queda como pago provisional todo lo cubierto hasta el momento.

4.- Bueno despues del saldo a cargo determinado conforme al punto 3 anterior, indicas cubrirlo mediante compensacion (anotando los datos de la declaracion del punto 1. Este punto obedece al de la compensacion.

5.- Nuevamente o te salen 'tablas', ya sin pago alguno y con un posible remanente por el saldo a favor que habras de aplicar en otras compensaciones a futuro.

6.- Si no alcanzo el monto a favor para la compensacion total, quedaria a cargo y se liquidaria en efectivo o con acreditamiento subsidio del empleo u otra compensacion o pago de lo indebido.

7.- Cuando se comience a realizar el proximo mes en DICIEMBRE, un nuevo pago provisional. Se repite el procedimiento del punto 1 al 6. Solo que en el 1 llevar la cuenta del remanente por compensar o disponible considerando sus actualizaciones. A la hora de ver el monto de pagos provisionales consideraras los PAGOS PROVISIONALES de Enero a Noviembre. Si bien en Noviembre se compenso, tambien estuviera PAGADO, no en efectivo o dinero, mediante un saldo a favor se compenso. La compensacion tambien es un pago. Y ese pago compensado se convirtio en PAGO PROVISIONAL y dejo de ser SALDO A FAVOR. Solo el remanente es lo que quedaria como SALDO A FAVOR, hasta agotarse. Mientras estas generando una nueva 'cubeta', cuenta o recipiente de PAGOS PROVISIONALES. Al realizar la anual. La vaciaras contra el impuesto anual a cargo causado. Para generar nuevamente un SALDO A FAVOR o Cargo del ejercicio NETO

Hola! Silvestre gracias por la respuesta. Entiendo todo lo que me explicas. pero la duda es esta a ver si me logro explicar.
En la anual me salio un saldo a favor de ISR de 2,742
En Abril me salen a pagar 570 pesos
obviamente le doy compensar
pero un contador me comento que para el mes de mayo en el apartado de pagos provisionales con anterioridad debo poner los 570 pesos que me compense en el mes de abril es esto cierto?