Hola Gaby Marente, buenas noches:

En tu primer caso, en mi caso, lo registro de la siguiente manera:

Cargo el total del ISR, por concepto de PP a la cuenta que comentas y abono el mismo importe a Impuestos por pagar.

Aplico el Subsidio al empleo, cuando realmente pago.

Ahora en tu segundo caso:

Otra duda es si por ejemplo tengo en mi calclulo:
ISR a cargo $4,858
(-) Pagos provisionales $1,128
(-) Subsidio $2,025
ISR por pagar $1,705

En este caso como registro la provision y el pago?

Lo que debes registrar es el 'neto que te resulte en tu cálculo del pago provisional', esto es, el importe que resulta una vez restado los 'pagos provisionales realizados con anterioridad'.

En tu ejemplo, se tiene:

ISR a cargo es el 'ISR determinado' $ 4,858.00
Menos: 'Pagos provisionales efectuados con anterioridad'(Seguimos en la parte de tu cálculo) $ 1,128.00
Igual a: Pago provisional a enterar: $ 3,730.00

En mi caso, lo registro de la siguiente manera:

Cargo:
PP ISR o (cta activo) $3,730.00
Abono: ISR por pagar $3,730.00

Cuando se realiza el pago, se registra:

Cargo:
Impuestos por pagar: $ 3,730.00

Abonos:
Subsidio al empleo: $2,025.00
Bancos: $1,705.00

De esta manera, el registro me queda tal cual como realicé mi pago.

Espero que mi comentario, sea de tu utilidad.
Saludos y buena suerte.

Editado: Junio 05, 2016 23:15:12