mira yo utilizo el de miskuentas en la nube y segun me indicar los de soporte tecnico que tanto las facturas emitidas como las de los proveedores algunos facturan hasta con 6 decimales.
al estar utilizando dos decimales en tu balanza se descuadra.
deberias de hacer la prueba a 6 decimales.
tambien deberias de indicar en que cuentas no cuadra la balanza para una opion sobre dicha cuenta.