Que tal

Primero ¿tomaste algun curso de contpaqi antes de comenzar a utilizarlo?

si es asi, debes de sbaer que hay un modulo que se llama Declaraciones de IVA e IETU.

En caso de no que no lo hayas tomado, te sugiero hacerlo, pues hay muchas cosas que se deben de configurar antes de comenzar a capturar la ifnormacion, para que solito y con la supervison de uno puedas determinar correctamente los impuestos desde contpai.
algunas cosas que debes de revisar si tienes configurado son:
configuracion general/IVA que esten habilitados para el manejo de iva tanto trasladado como acreditable a las tasas que le aplique
cuentas y su estructura, que tengas cuenta de flujo de efectivo
Padron de proveedores
Conceptos de IETU
esto es antes de capturar
si todo esta bien, al finalizar la captura te pedira la asociacion de proveedores para iva, diot e ietu, en egresos de igual forma para ingresos.
al termina de capturar todo y de hacer tu conciliacion bancaria, tienes que considerar los cheques en transito para cambiarle el periodo de acreditamiento en contpaqi, es necesaria hacer la conciliacion de iva acreditabl contable contra el fiscal, el mismo contpai te da ese reporte, de ahi proce a aclarar tus diferencias en ese reporte en caso de existir tales diferencias.

Como veras son muchos pasos a seguir. no son todos, son los que recuerdo en este momento.

pd existe un modulo fiscal desde la hoja electronica checalo tambien, pero te repito tiene que estar bien configurado el sistema.

lo de la interfaz es para enlazar informacion de un programa a otro.

saludos