En el Programa para presentar la Declaracion Anual de sueldos y salarios
no te da la opcion de presentar los Ingresos Exentos

¿Que ingresos se pone el el Renglon que dice monto de los ingresos pagados?

seria el total de ingresos
o el de los Ingresos Acumulables

En la pantalla de captura de Ingresos hay dos opciones: Ingreso Anual e Ingreso Exento.

Salarios

Ingresos.

Anual: Capture el total de sueldos y salarios contenido en la Constancia de Sueldos, Salarios, Conceptos Asimilados, Crédito al salario y Subsidio para el Empleo (Incluye ingresos por acciones) formato 37 ó Anexo 1 del formato 30. (Art. 110 y 111 LISR). Verifique que sea el total, es decir, la suma de ingresos gravados más ingresos exentos, sin incluir los correspondientes a los conceptos de Indemnización ó Jubilación que, en caso de tenerlos, van a capturarse en las otras secciones de este apartado del programa.

Exento: Capture los ingresos por los que no se paga Impuesto Sobre la Renta correspondientes a sueldos, salarios y conceptos asimilados, los cuales aparecen en su constancia (Formato 37 ó Anexo 1 del formato 30) (Art. 109 LISR). No incluya las exenciones correspondientes a los conceptos de Indemnización ó Jubilación que, en caso de tenerlos, van a capturarse en las otras secciones de este apartado del programa. Evite duplicar los ingresos exentos de un mismo concepto, cuando los hubiera percibido de más de un patrón.

Fuente: Declarasat.