Lo más importante que debes considerar en este caso es que el régimen intermedio forma parte del capítulo IV del Título IV de la LISR.

En este Título tributan las personas físicas residentes en México o las personas físicas residentes en el extranjero con establecimiento permanente en México.

Si el extranjero que comentas se ubica en los supuestos de ser residente en México para efectos fiscales (Art 9 CFF) entonces puede y debe obtener su RFC y podría tributar en el Régimen Intermedio.

Sin embargo es importante no tomar esto a la ligera ya que es muy probable que sea residente fiscal en otro país y en el futuro pueda tener un problema de doble tributación. Hay que considerar en donde tiene su residencia fiscal en el extranjero, verificar la existencia de tratados para evitar doble tributación con ese país.

En fin, es una asesoría interesante y que requiere algo más de conocimiento de los intereses de tu cliente.