En mi opinión, deberás presentar una declaración complementaria calculando los accesorios correspondientes, generando nuevamente tu acuse de recibo correspondiente, para su posterior presentación en el portal del banco.

Fundamento:
Regla 2.17.1 de la RMF Último párrafo.

Se considera que los contribuyentes han cumplido con la obligación de presentar declaración anual en los términos de las disposiciones fiscales correspondientes, cuando hayan presentado la información a que se refiere la fracción III de esta regla en la dirección electrónica del SAT por los impuestos a que esté afecto y, en los casos en los que exista cantidad a su cargo, hayan efectuado el pago de conformidad con la fracción V anterior.

Saludos