Siempre y cuando no hayas acreditado las retenciones, considero que puedes solicitar la devolución, de lo contrario te recomiendo que lo acabes de acreditar.
En el caso de que no lo acreditaste y como tal tienes un saldo a favor ("base-impuesto-pagos prov-retenciones") solicita la devolución anexando declaración anual y pagos provisionales, ademas de las constancias.
La duda "si hay una forma de saber si pago las retenciones", me paso un caso similar, integre toda la documentación, pero no procedio porque, la empresa se le habia pasado informarme o bien porque no lo pago, la realidad fue que la autoridad no tenia los elementos para poderme devolver, ya que en su base de datos no aparecia la información de las retenciones.

En primer lugar debemops considerar que las retenciones ensi no se puden devolver a reserva que exista un amparo al respecto.

Ahora si hablas de devolucion de ISR por el efecto de las retenciones efectuadas por personas morales por la renta de bienes inmuebles, como ya comentan el declarasat tiene la opcion de que le indiques si dicho saldo lo quieres en devolucion (indicando la clabe bancaria donde se desee que depositen el importe a devolver) o en compensaciòn, si lo quieres en devolucion casi es seguro que al momento que valide la declaraciòn te incluya dentro del programa de devolucion automatica sin necesidad de presentar documentaciòn alguna.

Sin embargo si dicha devolucion automatica no se concreta, dicha devolucion puede pedirse de forma tradicional presentando el formato respectivo y anexando el acuse de recibo de la declaracion anual, pagos provisionales y constancias de retenciòn.

Ahora no entiendo que tiene que ver el impuesto cedular, porque dicho impuesto es deducible mas no acreditable en el ISR de ingresos por arrendamiento y en la mayoria de los casos muchos optan por la deducciòn opcional sustituyendola por las deducciones comunes excepto predial. Ahora si dicha retencion del impuesto predial no la ha enterado la PM en guanajuato, aun sin conocer la legislacion, estoy seguro que el que esta obligado a retener y enterar es la PM, por lo cual a la PF a quien se le retuvo no tiene ninguna responsabilidad sobre el entero de dicha obligaciòn (similar a las retenciones de ISR por sueldos, honorarios y arrendamiento.

Ahora regresando a la devoluciòn, si la autoridad la niega argumentando que la PM no ha enterado las retenciones, la puedes impugnar porque la responsabilidad ya no es de la PF, sino de la PM y la autoridad debe requerir el pago a la PM y no detener el derecho que la PF tiene solo porque la autoridad no sabe recaudar lo que debe.

Saludos.