Primero que nada y antes de entrar en la materia en referencia a tu relación con el Patrón, te comiento lo siguiente:

Tanto la LSS como el CFF establece de manera expresa que la Autoridad Administrativa tiene atribuciones legales para realizar facultades de comprobación, es decir actos de molestia que se invaden la esfera jurídica del gobernado, ahora bien esos actos deben reunir ciertos requisitos mínimos, a saber:
1) que se exprese por escrito y contenga la firma original o autógrafa del respectivo funcionario;
2) que provenga de autoridad competente;
y, 3) que en los documentos escritos en los que se exprese, se funde y motive la causa legal del procedimiento. Cabe señalar que la primera de estas exigencias tiene como propósito evidente que pueda haber certeza sobre la existencia del acto de molestia y para que el afectado pueda conocer con precisión de cuál autoridad proviene, así como su contenido y sus consecuencias. Asimismo, que el acto de autoridad provenga de una autoridad competente significa que la emisora esté habilitada constitucional o legalmente y tenga dentro de sus atribuciones la facultad de emitirlo. Y la exigencia de fundamentación es entendida como el deber que tiene la autoridad de expresar, en el mandamiento escrito, los preceptos legales que regulen el hecho y las consecuencias jurídicas que pretenda imponer el acto de autoridad, presupuesto que tiene su origen en el principio de legalidad que en su aspecto imperativo consiste en que las autoridades sólo pueden hacer lo que la ley les permite; mientras que la exigencia de motivación se traduce en la expresión de las razones por las cuales la autoridad considera que los hechos en que basa su proceder se encuentran probados y son precisamente los previstos en la disposición legal que afirma aplicar. Presupuestos, el de la fundamentación y el de la motivación, que deben coexistir y se suponen mutuamente, pues no es posible citar disposiciones legales sin relacionarlas con los hechos de que se trate, ni exponer razones sobre hechos que carezcan de relevancia para dichas disposiciones.

Por lo que de lo expuesto anteriormente se traduce en una evidente violación por parte de la Autoridad, por lo que cualquier resolución que esta emite es susceptible de combatirla a través del medio de defensa respectivo.

Ahora bien en tu caso, si existe una relación de subordinación con independencia de que recibas las cantidades bajo el concepto de honorarios, es claro que existe una relación de trabajo, toda vez que asi lo preveen algunos Tribunales al emitir las siguientes tesis:
No. Registro: 242,745
Jurisprudencia
Materia(s): Laboral
Séptima Época
Instancia: Cuarta Sala
Fuente: Semanario Judicial de la Federación
Tomo: 187-192 Quinta Parte
Tesis:
Página: 85
Genealogía: Informe 1978, Segunda Parte, Cuarta Sala, tesis 82, página 47.
Informe 1981, Segunda Parte, Cuarta Sala, tesis 314, página 229.
Informe 1984, Segunda Parte, Cuarta Sala, tesis 20, página 21.
Apéndice 1917-1995, Tomo V, Primera Parte, tesis 531, página 351.

SUBORDINACION. ELEMENTO ESENCIAL DE LA RELACION DE TRABAJO.
La sola circunstancia de que un profesional preste servicios a un patrón y reciba una remuneración por ello, no entraña necesariamente que entre ambos exista una relación laboral, pues para que surja ese vínculo es necesaria la existencia de subordinación, que es el elemento que distingue al contrato laboral de otros contratos de prestación de servicios profesionales, es decir, que exista por parte del patrón un poder jurídico de mando correlativo a un deber de obediencia por parte de quien presta el servicio, de acuerdo con el artículo 134, fracción III de la Ley Federal del Trabajo, que obliga a desempeñar el servicio bajo la dirección del patrón o de su representante a cuya autoridad estará subordinado el trabajador en todo lo concerniente al trabajo.

Séptima Epoca, Quinta Parte:

Volúmenes 103-108, página 97. Amparo directo 2621/77. Jorge Lomelí Almeida. 22 de septiembre de 1977. Unanimidad de cuatro de votos. Ponente: María Cristina Salmorán de Tamayo.

Volúmenes 109-114, página 92. Amparo directo 5686/76. Jorge Zárate Mijangos. 11 de enero de 1978. Cinco votos. Ponente: Juan Moisés Calleja García. Secretario: Alberto Alfaro Victoria.

Volúmenes 145-150, página 60. Amparo directo 7070/80. Fernando Lavín Malpica. 30 de marzo de 1981. Cinco votos. Ponente: María Cristina Salmorán de Tamayo.

Volúmenes 187-192, página 55. Amparo directo 1362/84. Aida Díaz Mercado Nagore. 5 de septiembre de 1984. Unanimidad de cuatro votos. Ponente: David Franco Rodríguez.

Volúmenes 187-192, página 55. Amparo directo 9328/83. Rodolfo Bautista López. 5 de septiembre de 1984. Unanimidad de cuatro votos. Ponente: David Franco Rodríguez.

Volúmenes 187-192, página 55. Amparo directo 2353/83. Guadalupe Flores Báez. 15 de noviembre de 1984. Unanimidad de cuatro votos. Ponente: María Cristina Salmorán de Tamayo.


No. Registro: 242,864
Jurisprudencia
Materia(s): Laboral
Séptima Época
Instancia: Cuarta Sala
Fuente: Semanario Judicial de la Federación
Tomo: 163-168 Quinta Parte
Tesis:
Página: 65
Genealogía: Informe 1981, Segunda Parte, Cuarta Sala, tesis 294, página 216.
Informe 1982, Segunda Parte, Cuarta Sala, tesis 18, página 18.
Apéndice 1917-1985, Quinta Parte, Cuarta Sala, tesis 222, página 206.
Apéndice 1917-1995, Tomo V, Primera Parte, tesis 394, página 262.


PROFESIONISTAS, CARACTERISTICAS DE LA RELACION LABORAL TRATANDOSE DE.
Si un profesionista presta regularmente sus servicios a una persona mediante una retribución convenida pero, además existe una subordinación consistente en desempeñar el profesionista sus actividades acatando las órdenes de quien solicitó sus servicios, en forma y tiempo señalados por éste, es de concluirse que la relación existente es de naturaleza laboral y no civil, aun cuando en el documento en que se hizo constar el contrato celebrado, se le hubiera denominado a éste "de prestación de servicios".

Séptima Epoca, Quinta Parte:

Volumen 10, página 52. Amparo directo 1455/69. Abel Porras Rodríguez. 9 de octubre de 1969. Unanimidad de cuatro votos. Ponente: Ramón Canedo Aldrete.

Volúmenes 145-150, página 48. Amparo directo 1222/81. Higinio Vargas Real. 29 de junio de 1981. Cinco votos. Ponente: David Franco Rodríguez. Secretario: Fernando López Murillo.

Volúmenes 157-162, página 74. Amparo directo 1291/81. Vidal Gallardo Xelo. 27 de agosto de 1981. Cinco votos. Ponente: David Franco Rodríguez. Secretario: Fernando López Murillo.

Volúmenes 157-162, página 43. Amparo directo 6383/81. José María Díaz de León. 15 de marzo de 1982. Cinco votos. Ponente: Juan Moisés Calleja García. Secretaria: Carolina Pichardo Blake.

Volúmenes 163-168, página 35. Amparo directo 1943/81. Luis Raúl Estrada Gallegos. 19 de julio de 1982. Unanimidad de cuatro votos. Ponente: Juan Moisés Calleja García. Secretaria: Carolina Pichardo Blake.

Nota: En el Semanario Judicial de la Federación, la referencia de los Volúmenes 145-150 del amparo directo 1455/69 es incorrecta, por lo que se corrige, como se observa en este registro.


No. Registro: 243,872
Tesis aislada
Materia(s): Laboral
Séptima Época
Instancia: Cuarta Sala
Fuente: Semanario Judicial de la Federación
Tomo: 61 Quinta Parte
Tesis:
Página: 42
Genealogía: Informe 1974, Segunda Parte, Cuarta Sala, página 50.
Informe 1975, Segunda Parte, Cuarta Sala, página 75.
Apéndice 1917-1985, Quinta Parte, Cuarta Sala, tesis relacionada con la jurisprudencia 222, página 206.

PROFESIONISTAS. CASO DE INEXISTENCIA DE LA RELACION LABORAL.
La sola circunstancia de que un profesionista preste servicios a una empresa y reciba una remuneración, no entraña necesariamente que entre ambos exista una relación laboral, pues para que surja ese vínculo contractual es necesaria la subordinación jurídica, "dirección y dependencia", que son las que lo distinguen de otro tipo de contratos. Consecuentemente, los profesionistas que desarrollan una actividad, para lo cual tienen un mandato de la empresa y que reciben honorarios y viáticos por cada asunto que atienden no son trabajadores.

Séptima Epoca:

Informe 1975, página 75. Amparo directo 4568/74. José Francisco Martínez Martínez. 2 de abril de 1975. Cinco votos. Ponente: Ramón Canedo Aldrete. Secretario: Jesús Luna Guzmán.

Séptima Epoca, Quinta Parte:

Volumen 61, página 42. Amparo directo 4647/73. Mucio Max Morales Cano. 28 de enero de 1974. Cinco votos. Ponente: María Cristina Salmorán de Tamayo.

Volumen 61, página 42. Amparo directo 3429/73. Leonardo Vacaseydel. 28 de enero de 1974. Cinco votos. Ponente: María Cristina Salmorán de Tamayo. Secretario: Marco Antonio Arroyo Montero.

Véase: Semanario Judicial de la Federación, Séptima Epoca, Volumen 10, Quinta Parte, página 52, tesis de rubro "PROFESIONISTAS, CARACTERISTICAS DE LA RELACION LABORAL TRATANDOSE DE.".

Nota: En los Informes de 1974 y 1975 y Apéndice 1917-1985, la tesis aparece bajo el rubro "RELACION LABORAL, CASO DE INEXISTENCIA DE LA, TRATANDOSE DE PROFESIONISTAS.".


Probablemente aplicaron mal la estrategia, espero que tus recibos de honorarios no esten foleados y emitidos de manera consecutiva con la Empresa y que exista un contrato de prestación de servicios de naturaleza civil con alguna clausula de no exclusividad, si no, mal cuento.