Si lo contratas por sueldos quiere decir que hay subordinación y por lo tanto los honorarios te los van a considerar como sueldo y vas a pagar al imss.
Salud2

Hay que tomar en cuenta lo sig.
Se consideran ingresos por la prestación de un servicio personal subordinado, los salarios y demás prestaciones que deriven de una relación laboral, incluyendo la participación de los trabajadores en las utilidades de las empresas y las prestaciones percibidas como consecuencia de la terminación de la relación laboral. Para los efectos de este impuesto, se asimilan a estos ingresos los siguientes:
I. Las remuneraciones y demás prestaciones, obtenidas por los funcionarios y trabajadores de la Federación, de las Entidades Federativas y de los Municipios, aun cuando sean por concepto de gastos no sujetos a comprobación, así como los obtenidos por los miembros de las fuerzas armadas.
II. Los rendimientos y anticipos, que obtengan los miembros de las sociedades cooperativas de producción, así como los anticipos que reciban los miembros de sociedades y asociaciones civiles.
III. Los honorarios a miembros de consejos directivos, de vigilancia, consultivos o de cualquier otra índole, así como los honorarios a administradores, comisarios y gerentes generales.
IV. Los honorarios a personas que presten servicios preponderantemente a un prestatario, siempre que los mismos se lleven a cabo en las instalaciones de este último.
Para los efectos del párrafo anterior, se entiende que una persona presta servicios preponderantemente a un prestatario, cuando los ingresos que hubiera percibido de dicho prestatario en el año de calendario inmediato anterior, representen más del 50% del total de los ingresos obtenidos por los conceptos a que se refiere la fracción II del artículo 120 de esta Ley.
Antes de que se efectúe el primer pago de honorarios en el año de calendario de que se trate, las personas a que se refiere esta fracción deberán comunicar por escrito al prestatario en cuyas instalaciones se realice la prestación del servicio, si los ingresos que obtuvieron de dicho prestatario en el año inmediato anterior excedieron del 50% del total de los percibidos en dicho año de calendario por los conceptos a que se refiere la fracción II del artículo 120 de esta Ley. En el caso de que se omita dicha comunicación, el prestatario estará obligado a efectuar las retenciones correspondientes.
V. Los honorarios que perciban las personas físicas de personas morales o de personas físicas con actividades empresariales a las que presten servicios personales independientes, cuando comuniquen por escrito al prestatario que optan por pagar el impuesto en los términos de este Capítulo.
VI. Los ingresos que perciban las personas físicas de personas morales o de personas físicas con actividades empresariales, por las actividades empresariales que realicen, cuando comuniquen por escrito a la persona que efectúe el pago que optan por pagar el impuesto en los términos de este Capítulo.
VII. Los ingresos obtenidos por las personas físicas por ejercer la opción otorgada por el empleador, o una parte relacionada del mismo, para adquirir, incluso mediante suscripción, acciones o títulos valor que representen bienes, sin costo alguno o a un precio menor o igual al de mercado que tengan dichas acciones o títulos valor al momento del ejercicio de la opción, independientemente de que las acciones o títulos valor sean emitidos por el empleador o la parte relacionada del mismo.
Se estima que estos ingresos los obtiene en su totalidad quien realiza el trabajo. Para los efectos de este Capítulo, los ingresos en crédito se declararán y se calculará el impuesto que les corresponda hasta el año de calendario en que sean cobrados.
No se considerarán ingresos en bienes, los servicios de comedor y de comida proporcionados a los trabajadores ni el uso de bienes que el patrón proporcione a los trabajadores para el desempeño de las actividades propias de éstos siempre que, en este último caso, los mismos estén de acuerdo con la naturaleza del trabajo prestado.

Aquí el mayor problema es el IMSS, está revisando mucho que no disfraces a empleados bajo el régimen de Honorarios para con esto evitar el pago de las cuotas.