Les comento lo que menciona la Regla 2.17.3 de la Resolucion Miscelanea:

"Los contribuyentes personas morales a que se refiere este Capítulo que estén obligados a dictaminar sus estados financieros por contador público registrado, así como aquellas personas morales que opten por dictaminarse en los términos del artículo 32-A del Código, presentarán las declaraciones anuales correspondientes al ejercicio de 2004 del ISR e IMPAC, incluyendo sus complementarias, extemporáneas y de corrección fiscal, siempre que exista impuesto a cargo por alguno de los impuestos mencionados, vía Internet, en las instituciones de crédito que se encuentren autorizadas..."

Mas adelante señala:

"III. Cuando existan saldos a favor por cualquiera de los impuestos señalados, independientemente de que se determinen en el propio dictamen, dichos contribuyentes deberán manifestarlos vía Internet mediante la “Declaración del ejercicio simplificada para contribuyentes dictaminados”, de conformidad con el procedimiento señalado en las fracciones I, II y III de la regla 2.17.1. de esta Resolución, dentro de los plazos establecidos en las disposiciones fiscales para la presentación de la declaración del ejercicio, ya sea por estar obligado o por ejercer la opción para dictaminarse."

Asimismo, puedo comentar que si lo unico que omitiste fueron solo datos informativos, con la presentacion del dictamen es mas que suiciente.

Saludos!!