Te comento de manera general el proceso:
1.- Los accionistas de la sociedad que pretende liquidarse, deberan en asamblea extraordinaria, decretar de acuerdo a sus propios estatutos, la liquidacion y posterior liquidacion de la sociedad; en caso de aprobarse en terminos de ley la liquidacion debera nombrarse un liquidador a quien tendran que conferirsele poderes legales para liquidacion y representacion de la sociedad. El acta que se levante de esta asamblea debera ser protocolizada ante notario.
2.-Presentar ante el SAT el aviso por inicio de liquidacion, el cual debera ser firmado por el liquidador y anexar copia en la que aparezca su nombramiento y la aprobacion por la asamblea de la liquidacion.
3.- Elaborar y publicar un balance por inicio de liquidacion, a fin de que quienes se crean con derechos en la sociedad exigan lo conduncente durante el proceso de liquidacion. Esta publicacion debera hacerse en el periodico oficial de la entidad, o en el periodico de mayor circulacion de la localidad, en los terminos que marca la LGSM.
4.- El liquidador procede a liquidar los activos y al pago de pasivos y al final del proceso, se elabora un balance final de liquidacion, el cual tambien debera ser publicado segun lo establezca la LGSM
5.- El liquidador convoca en terminos de ley, a una nueva asamblea extraordinaria, en la cual se liquidan las acciones a todos los accionistas la parte que les corresponda, contra la entrega de los titulos acciones, las cuales son canceladas en el acto. En caso de que proceda algun pago por concepto de liquidacion de las acciones, asi como de las utilidades pendientes de distribuir, se debera retener el ISR en los terminos de Ley. De esta asamblea se levanta un acta en la que se circunstancien todos los hechos e igualmente se procede a su protocolizacion.
6.- El liquidador con el acta de esta ultima asamblea, procede a presentar ante el SAT el aviso de cancelacion por la cancelacion total del activo.Con lo anterior la sociedad queda legalmente dada de baja del padron de contribuyentes y la documentacion debera ser conservada por el liquidador en los terminos que marca el CFF
7.- Durante el proceso deberan ser presentadas las declaraciones provisionales que procedan y al final del proeso debera presentarse la declaracion por liquidacion total del actvo.
Lo anterior esta muy generalizado, por lo que te recomiendo apoyarte en la LGSM, asi como en la LISR en lo que se refiere a este tema.