Las anuales independientemente de que sean desde 2000, deberan presentarse en el formato actual (13), de hecho dice "para ejercicio 2002 y anteriores"
PARA IVA
Tendrías que marcar el anexo 6 para ejercicio 2000, 2001 y 2002, y para 2003 y 2004 el anexo 5

Dependiendo del régimen marcarías el anexo
Anexo 2- Salarios, arrendamiento, otros ingresos
Anexo 3- Regimen Intermedio
Anexo 4- Actividades Empresariales

y como dices que no se encuentra localizado, primero deberás acudir a la Administración que te corresponda con un escrito libre para solicitar que te verifiquen tu domicilio, anexandole un croquis, porque de lo contrario no podrás obtener tu CIEC o FE

Esto siempre y cuando todavia tenga el mismo domicilio que manifestó en 2000, si no presenta el formato R-2 para avisar del cambio de domicilio