hola partamos del hecho de que es una compra de contado y supongamos que la compras el dia de hoy 26 de junio la compra y el iva son deducibles para el mes de junio pero ahora agregamos la nota de credito y supongamos que en esta compra del dia 26 de junio que ya pagamos descubrimos que una parte de la mercancia comprada no es la que nosotros pedimos entonses vamos al dia siguiente es decir el 27 de junio con el proveedor y le regresamos esa parte de la mercancia, el se da cuenta de su error nos pide disculpas y nos dice que la mercancia que nosotros queremos no la tiene por lo tanto nos regresa el dinero que pagamos por esa mercancia equivocada y hace una nota de credito la cual se registra ese dia (27 de junio) en tu contabilidad y entonses los acientos quedarian asi

26 de junio

compras 1000
iva acred. 150
bancos 1150

27 de junio

bancos 345
compras(dev/compras) 300
iva acreditable 45

de esta manera vemos que en tu calculo de junio no hay problema pues tanto en la compra como en la devolucion son del mismo mes pero tambien observamos que no se registran en fechas diferentes asi pues si la devolucion se hubiera hecho en el mes de julio el efecto del iva hubiera pegado hasta el mes de julio y no en junio lo mismo ocurre en el caso de que la compra sea a credito solmente cambian las cuentas por el hecho de que en lugar de afectar bancos afectas a provedores y con lo de los ivas depende de que cuentas manejes en tu caso supongo que manejas una cuenta de iva pendiente de acreditar para el caso de las operaciones a credito y esta seria la que se afecta. Es decir el tiempo en que la nota de credito se afecta yo la consideraria en primer lugar por su fecha, en segundo lugar si la fecha de la nota de credito y la de la factura es la misma yo la registraria en el mismo asiento e incluso podrias si este es tu caso disminuirla la nota de credito de la factura sin registra la nota en contabilidad simplemente dejarla junto a la factura.