HOLA:
UNA DUDA Y CONSEJO.
UN TRABAJADOR QUE ES GESTOR EN LA EMPRESA DESEA SEPARARSE, POR LO DE LA MODALIDAD 40. PERO SEGUIR PRESTANDO SUS SERVICIOS EN LA EMPRESA; EN QUE REGIMEN ME ACONSEJAN DARLO DE ALTA, PARA NO TENER PROBLEMAS, DE NIGUNA INDOLE.
GRACIAS POR SUS VALIOSOS COMENTARIOS.
FELICIDADES POR SER UN GRAN CANAL

Yo tengo una situación similar, y creo que lo viable sería que la persona le cobrara honorarios a la empresa y le expidiera su CFDI por dichos servicios.

Con qué me he topado?

LISR
CAPÍTULO I
DE LOS INGRESOS POR SALARIOS Y EN GENERAL POR LA PRESTACIÓN DE UN SERVICIO PERSONAL SUBORDINADO

Artículo 94. Se consideran ingresos por la prestación de un servicio personal subordinado, los salarios y demás prestaciones que deriven de una relación laboral, incluyendo la participación de los trabajadores en las utilidades de las empresas y las prestaciones percibidas como consecuencia de la terminación de la relación laboral. Para los efectos de este impuesto, se asimilan a estos ingresos los siguientes:

IV. Los honorarios a personas que presten servicios preponderantemente a un prestatario,
siempre que los mismos se lleven a cabo en las instalaciones de este último.

Para los efectos del párrafo anterior, se entiende que una persona presta servicios
preponderantemente a un prestatario, cuando los ingresos que hubiera percibido de dicho
prestatario en el año de calendario inmediato anterior, representen más del 50% del total de
los ingresos obtenidos por los conceptos a que se refiere la fracción II del artículo 100 de esta
Ley.

Antes de que se efectúe el primer pago de honorarios en el año de calendario de que se trate,
las personas a que se refiere esta fracción deberán comunicar por escrito al prestatario en
cuyas instalaciones se realice la prestación del servicio, si los ingresos que obtuvieron de
dicho prestatario en el año inmediato anterior excedieron del 50% del total de los percibidos
en dicho año de calendario por los conceptos a que se refiere la fracción II del artículo 100 de
esta Ley. En el caso de que se omita dicha comunicación, el prestatario estará obligado a
efectuar las retenciones correspondientes.

CAPÍTULO II
DE LOS INGRESOS POR ACTIVIDADES EMPRESARIALES Y PROFESIONALES

SECCIÓN I
DE LAS PERSONAS FÍSICAS CON ACTIVIDADES EMPRESARIALES Y PROFESIONALES

Artículo 100. Están obligadas al pago del impuesto establecido en esta Sección, las personas físicas que perciban ingresos derivados de la realización de actividades empresariales o de la prestación de servicios profesionales.

Las personas físicas residentes en el extranjero que tengan uno o varios establecimientos
permanentes en el país, pagarán el impuesto sobre la renta en los términos de esta Sección por los
ingresos atribuibles a los mismos, derivados de las actividades empresariales o de la prestación de
servicios profesionales.

Para los efectos de este Capítulo se consideran:

I. Ingresos por actividades empresariales, los provenientes de la realización de actividades
comerciales, industriales, agrícolas, ganaderas, de pesca o silvícolas.

II. Ingresos por la prestación de un servicio profesional, las remuneraciones que deriven de un
servicio personal independiente y cuyos ingresos no estén considerados en el Capítulo I de
este Título.

Se entiende que los ingresos los obtienen en su totalidad las personas que realicen la actividad
empresarial o presten el servicio profesional.

Una opción sería la Prestación de servicios independientes (honorarios)

Solo es recomendable si realmente existe independencia.
Debe emitir CFDI por sus servicios.
No debe haber subordinación laboral.
Debe poder prestar servicios con autonomía y asumir sus propias obligaciones fiscales.
Si en los hechos sigue siendo un empleado, el contrato de honorarios no elimina el riesgo.