Hola mira no tengo toda la informacion a la mano pero fui a un curso donde tocaron el tema de pagos por complementarias anteriores a 2012 hablamos de personas morales (y que me imagino que es tu caso) ya que a partir de 2012 es obligatorio presentar pagos referenciados y nos decian que debemos de llenar todos los anexos de las obligaciones a presentar ejemplo vas a presentar complementaria por iva e isr deberas de llenar solo esos 2 anexos como te digo no tengo la informacion a la mano para poderte decir si fue un criterio, regla, etc para darte la referencia.
Espero sea esta tu duda y que te haya podido ayudar