Buena tarde, tengo el siguiente caso de una agencia de viajes:

Recibe comisiones de una aerolinea (MAGNICHARTERS), lo hace de la siguiente manera:

Algunos clientes de la agencia le pagan a la agencia, la cual posteriormente hace el pago a MAGNICHARTES, la cual emite factura a la agencia, y a su vez, la agencia factura los ingresos recibidos por sus clientes.

Pero otros clientes, hacen el pago directamente a MAGNICHARTES, y MAGNICHARTES de igual manera hace la factura a la agencia, ya que los clientes hacen el pago con una referencia del código de la aerolinea, sino, la agencia no recibe su comisión.

Cómo hago aquí con estos clientes que pagan directamente a a la aerolinea, debo de facturar yo esos ingresos? Ya que mes tras mes tengo más facturas que ingresos debido a esas facturas y no quiero problema alguno.

Buenas tardes.

Cómo hago aquí con estos clientes que pagan directamente a a la aerolinea, debo de facturar yo esos ingresos? Ya que mes tras mes tengo más facturas que ingresos debido a esas facturas y no quiero problema alguno

Si, se tiene que facturar.
Para evitar discrepancia.