Yo también tengo entendido que la SHyCP no emitirá CFDI's por el pago de impuestos .

El IMSS SI EMITE CFDI por las aportaciones de seguridad social, hay que entrar a a la siguiente página y hacer el registro:
http://sipare.imss.gob.mx/sipare_webapp/index.jsp


El INFONAVITl, comenta que los empezará a emitir con posterioridad, hice una consulta y contestaron lo siguiente:

En relación con tu solicitud número 11256571, correspondiente al servicio Otros - &, emitimos la siguiente respuesta:
' Tu Comprobante Fiscal Digital por Internet (CFDI) lo podrás obtener de nuestro portal a partir del mes de septiembre. Por el momento, te recomendamos que verifiques que el RFC que tienes en el SUA coincida con el que tienes registrado en el SAT. '


Los impuestos locales de nominas, se deberá entrar al portal de cada tesorería y solicitar la factura (buscando la opción correspondiente).

El DF (www.finanzas.gob.mx) y el Estado de México (https://sfpya.edomexico.gob.mx/recaudacion/) ya emiten los CFDI´s por los pagos de impuestos sobre nominas (o con el nombre que se les designe: erogaciones, pagos por servicios remunerados, etc).

Saludos